مجهر مستقطب هو نوع آخر من المجهر المركب. والتي يمكن أن تعزز التباين وجودة الصورة في العينة حيث لا تكون التقنيات الأخرى مثل تباين الطور أو المجال المظلم فعالة. يتم استخدام مرشحين مستقطبين يسمى مرشحات "المستقطب" و "المحلل". يتم وضع المستقطب في مسار مصدر الضوء والمحلل في المسار البصري. تُستخدم المجاهر المركبة المستقطبة لفحص المواد الكيميائية في صناعة الأدوية ، ويستخدم علماء البترول والجيولوجيون المجاهر المستقطبة لفحص المعادن وشرائح الصخور الرقيقة.