Mikroskop Polarisasi ialah satu lagi jenis mikroskop majmuk. yang boleh meningkatkan kontras dan kualiti imej pada spesimen di mana teknik lain seperti kontras fasa atau medan gelap tidak begitu berkesan. Dua penapis polarisasi digunakan dipanggil penapis 'polarizer' dan 'analyzer'. Polarizer diletakkan di laluan sumber cahaya, dan penganalisis di laluan optik. Mikroskop kompaun polarisasi digunakan untuk memeriksa bahan kimia dalam industri farmaseutikal dan ahli petrologi dan ahli geologi menggunakan mikroskop polarisasi untuk memeriksa mineral dan kepingan nipis batu.