Fluorescerande mikroskop använder en avbildningsteknik som möjliggör excitation av fluoroforer och efterföljande detektion av fluorescenssignalen. Fluorescensmikroskop kräver en kraftfull ljuskälla (100W Mercury eller 5W LED) och ett filterkuber till dikroisk spegel för att reflektera ljus vid önskad excitations-/emissionsvåglängd. Fluorescens produceras när ljus exciterar eller flyttar en elektron till ett högre energitillstånd, vilket omedelbart genererar ljus med en längre våglängd, lägre energi och en annan färg än det ursprungliga ljuset som absorberas. Det filtrerade excitationsljuset passerar sedan genom objektivet för att fokuseras på provet och det emitterade ljuset filtreras tillbaka till detektorn för bilddigitalisering. Det används i stor utsträckning inom biologi och medicin, såväl som inom andra områden.