Fluoreszenzmikroskop verwendet ein bildgebendes Verfahren, das die Anregung von Fluorophoren und die anschließende Detektion des Fluoreszenzsignals ermöglicht. Fluoreszenzmikroskope benötigen eine leistungsstarke Lichtquelle (100 W Quecksilber oder 5 W LED) und einen Filterwürfel zum dichroitischen Spiegel, um Licht bei der gewünschten Anregungs-/Emissionswellenlänge zu reflektieren. Fluoreszenz wird erzeugt, wenn Licht ein Elektron anregt oder in einen höheren Energiezustand versetzt, wodurch sofort Licht mit längerer Wellenlänge, niedrigerer Energie und einer anderen Farbe als das ursprünglich absorbierte Licht erzeugt wird. Das gefilterte Anregungslicht passiert dann das Objektiv, um auf die Probe fokussiert zu werden, und das emittierte Licht wird zurück auf den Detektor zur Bilddigitalisierung gefiltert. Es ist in der Biologie und Medizin sowie in anderen Bereichen weit verbreitet.
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