Mikroskop Fluorescent menggunakan teknik pencitraan yang memungkinkan eksitasi fluorofor dan deteksi selanjutnya dari sinyal fluoresensi. Mikroskop fluoresensi memerlukan sumber cahaya yang kuat (100W Mercury atau 5W LED) dan kubus filter ke cermin dichroic untuk memantulkan cahaya pada panjang gelombang eksitasi/emisi yang diinginkan. Fluoresensi dihasilkan ketika cahaya menggairahkan atau memindahkan elektron ke keadaan energi yang lebih tinggi, segera menghasilkan cahaya dengan panjang gelombang yang lebih panjang, energi yang lebih rendah, dan warna yang berbeda dari cahaya asli yang diserap. Cahaya eksitasi yang disaring kemudian melewati tujuan untuk difokuskan ke sampel dan cahaya yang dipancarkan disaring kembali ke detektor untuk digitalisasi gambar. Ini banyak digunakan dalam biologi dan kedokteran, serta di bidang lain.