Microscopio fluorescente utilizza una tecnica di imaging che consente l'eccitazione dei fluorofori e la successiva rilevazione del segnale di fluorescenza. I microscopi a fluorescenza richiedono una potente sorgente luminosa (mercurio da 100 W o LED da 5 W) e un filtro da cubi a specchio dicroico per riflettere la luce alla lunghezza d'onda di eccitazione/emissione desiderata. La fluorescenza viene prodotta quando la luce eccita o sposta un elettrone in uno stato di energia superiore, generando immediatamente luce di lunghezza d'onda maggiore, energia inferiore e colore diverso rispetto alla luce originale assorbita. La luce di eccitazione filtrata passa quindi attraverso l'obiettivo per essere focalizzata sul campione e la luce emessa viene nuovamente filtrata sul rivelatore per la digitalizzazione dell'immagine. È ampiamente utilizzato in biologia e medicina, così come in altri campi.