Fluorescerende Microscoop maakt gebruik van een beeldvormingstechniek die de excitatie van fluoroforen en daaropvolgende detectie van het fluorescentiesignaal mogelijk maakt. Fluorescentiemicroscopen hebben een krachtige lichtbron nodig (100W kwik of 5W LED) en een filterkubus voor dichroïsche spiegel om licht te reflecteren op de gewenste excitatie/emissiegolflengte. Fluorescentie wordt geproduceerd wanneer licht een elektron prikkelt of naar een hogere energietoestand beweegt, waarbij onmiddellijk licht wordt gegenereerd met een langere golflengte, lagere energie en een andere kleur dan het oorspronkelijke geabsorbeerde licht. Het gefilterde excitatielicht gaat vervolgens door het objectief om te worden gefocusseerd op het monster en het uitgezonden licht wordt teruggefilterd naar de detector voor beelddigitalisering. Het wordt veel gebruikt in de biologie en geneeskunde, maar ook op andere gebieden.