Флюресцент микроскоп флюрофорыг өдөөж, дараа нь флюресценцийн дохиог илрүүлэх боломжийг олгодог дүрслэлийн техникийг ашигладаг. Флюресценцийн микроскопууд нь хүчирхэг гэрлийн эх үүсвэр (100 Вт мөнгөн ус эсвэл 5 Вт LED) ба гэрлийг хүссэн өдөөлт/ягаралтын долгионы уртад тусгахын тулд дихроик толин тусгал руу шүүлтүүр шоо шаарддаг. Гэрэл нь электроныг өдөөх эсвэл илүү өндөр энергийн төлөв рүү шилжүүлэх үед флюресцент үүсдэг бөгөөд тэр даруй илүү урт долгионы урттай, бага энергитэй, шингэсэн анхны гэрлээс өөр өнгөтэй гэрлийг үүсгэдэг. Дараа нь шүүсэн өдөөх гэрэл нь дээж дээр төвлөрөх объектыг дамжуулж, ялгарсан гэрлийг дүрсийг дижитал болгох зорилгоор детектор руу буцааж шүүнэ. Энэ нь биологи, анагаах ухаан, түүнчлэн бусад салбарт өргөн хэрэглэгддэг.