Mikroskop pendarfluor menggunakan teknik pengimejan yang membolehkan pengujaan fluorofor dan pengesanan seterusnya isyarat pendarfluor. Mikroskop pendarfluor memerlukan sumber cahaya yang berkuasa (100W Mercury atau 5W LED) dan kiub penapis kepada cermin dichroic untuk memantulkan cahaya pada panjang gelombang pengujaan/pelepasan yang dikehendaki. Pendarfluor terhasil apabila cahaya mengujakan atau menggerakkan elektron ke keadaan tenaga yang lebih tinggi, serta-merta menghasilkan cahaya dengan panjang gelombang yang lebih panjang, tenaga yang lebih rendah dan warna yang berbeza dengan cahaya asal yang diserap. Lampu pengujaan yang ditapis kemudiannya melalui objektif untuk difokuskan pada sampel dan cahaya yang dipancarkan ditapis semula ke pengesan untuk pendigitalan imej. Ia digunakan secara meluas dalam biologi dan perubatan, serta dalam bidang lain.