Fluorescerende mikroskop bruker en bildeteknikk som tillater eksitasjon av fluoroforer og påfølgende deteksjon av fluorescenssignalet. Fluorescensmikroskoper krever en kraftig lyskilde (100W Mercury eller 5W LED) og en filterkuber til dikroisk speil for å reflektere lys ved ønsket eksitasjons-/emisjonsbølgelengde. Fluorescens produseres når lys eksiterer eller flytter et elektron til en høyere energitilstand, umiddelbart genererer lys med lengre bølgelengde, lavere energi og en annen farge enn det opprinnelige lyset som ble absorbert. Det filtrerte eksitasjonslyset passerer deretter gjennom objektivet for å bli fokusert på prøven, og det utsendte lyset filtreres tilbake på detektoren for bildedigitalisering. Det er mye brukt i biologi og medisin, så vel som i andre felt.