Флуоресцентный микроскоп использует метод визуализации, который позволяет возбуждать флуорофоры и последующее обнаружение флуоресцентного сигнала. Для флуоресцентных микроскопов требуется мощный источник света (ртутный 100 Вт или светодиод 5 Вт) и кубы фильтров для дихроичного зеркала, отражающего свет на желаемой длине волны возбуждения/испускания. Флуоресценция возникает, когда свет возбуждает или переводит электрон в более высокое энергетическое состояние, немедленно генерируя свет с большей длиной волны, меньшей энергией и цветом, отличным от исходного поглощенного света. Затем отфильтрованный возбуждающий свет проходит через объектив и фокусируется на образце, а испускаемый свет фильтруется обратно на детектор для оцифровки изображения. Он широко используется в биологии и медицине, а также в других областях.